Den inre belastningen kan därför inte jämställas med belastningen från avrinningsområdet och atmosfären. Endast yttre, av människan orsakad (antropogen) belastning och naturlig urlakning bringar nya näringsämnen i havet.

Syret på botten påverkar sedimentens förmåga att binda fosfor

I genomsnitt binder Östersjöns botten mera fosfor än vad som frigörs, men under syrefattiga perioder kan emellertid mer fosfor frigöras än vad som binds. Bottensedimentets förmåga att binda fosfor beror alltså på om det finns syre eller inte. Syresituationen på botten påverkas av eutrofieringsläget och havets inre egenskaper, såsom vattenmassans tendens till skiktning.

Ett eutroft havsområde producerar mycket organiskt material som förr eller senare sjunker till botten. Nedbrytning av detta material förbrukar djupvattnets syreresurser. Å andra sidan begränsar vattnets skiktning en vattenuppblandning t.ex. genom stormar. Därmed kan inte syre transporteras från ytlagren till botten där det är mest behövligt.

Havet eutrofierar sig självt

I Östersjön börjar fosforn i allmänhet frigöras under sensommaren, men eftersom vattnet är skiktat kan fosforn inte sprida sig till ytan.

Under höst- och vintercirkulationen blandas den frigjorda fosforn så småningom med hela vattenmassan, vilket har en inverkan på mängden växtplankton under följande vår och sommar. På detta sätt gödslar havet alltså sig självt.

Frisättningen av fosfor från botten gör ekosystemet kvävebegränsat. Detta gynnar cyanobakterierna vilka har förmågan att binda kväve från luften och skapa blomningar.

Eutrofiering orsakad av inre belastning kan inte kontrolleras

Om den interna belastningen är riklig är havets eutrofieringsläge inte längre beroende av yttre källor. Till exempel i Finska viken kan totalmängden fosfor årligen variera betydligt mer än vad som är möjligt genom variationer av den yttre fosforbelastningen.

I Finska viken förklaras variationen i mängden fosfor huvudsakligen av vindar och lufttrycksskillnader som reglerar vattenströmmar och syreläget. De inre processerna i Egentliga Östersjön och Finska viken har alltså större effekt på fosforhalten än tillflödet av ny fosfor.

I Bottniska viken är den inre belastningen åtminstone tills vidare inget problem på grund av att bottnarna här är väl syresatta.