Luontoa on helpompi ymmärtää ja tutkia, kun se on jaettu pienempiin osiin. Maalla olevat erilaiset elinympäristöt ovat jo monille tuttuja. On metsiä, jotka määritellään havumetsiksi, lehtimetsiksi ja sekametsiksi puulajiston perusteella. Sama pätee niittyihin, ketoihin ja jopa jäkälien peittämiin kallioihin.

Pinnan alta löytyy vastaavasti erilaisia maisemia ja ympäristöoloja. Suomen rannikolla erityisesti syvyyden, veden suolaisuuden, rannan avoimuuden ja pohja-aineksen rakenteen vaihtelut luovat valtavasti erilaisia elinympäristöjä, joissa lajistoltaan vaihtelevat luontotyypit vuorottelevat.

Luontotyyppi on elinympäristö, jossa on yhdenmukaiset ympäristöolot ja ominaislajisto

Itämeren luontotyypit määritellään Helcomin HUB-luokittelun (Helcom Underwater Biotope and Habitat Classification System) mukaan, jossa elinympäristöt jaotellaan ensin valon määrän ja pohja-aineksen perusteella, ja tarkennetaan edelleen kasvillisuuden läsnä- tai poissaololla ja lopulta eliöyhteisöä vallitsevien lajien mukaan.

Näin saadaan arvioitua esimerkiksi kovilla valoisilla kalliopohjilla esiintyvien hauruyhteisöjen määrä ja laatu Suomen rannikolla. Pirstaleisessa pinnanalaisessa maisemassa ympäristöolot vaihtelevat nopeasti, joten hauruyhteisöt saattavat esiintyä rinnakkain ja osittain päällekkäin myös rihmalevä-, punalevä- ja sinisimpukkayhteisöjen kanssa.

Näillä kaikilla erilaisilla luontotyypeillä on omanlaisensa lajisto, ja lajien väliset vuorovaikutukset yhdessä ympäristöolojen kanssa luovat elinympäristön. Haurut kiinnittyvät kalliopintaan ja sitovat veden ravinteita kasvuunsa. Haurujen pinnalle kertyvää orgaanista ainesta syövät haurujen suojissa elävät pohjaeläimet, joita puolestaan saalistavat kookkaammat pedot, kuten kalat. Ravintoketjun huipulla ovat kaloja ravinnokseen pyytävät ihmiset ja merinisäkkäät.

Jokaisella luontotyypillä on sille ominainen ravintoverkko, joka pitää omalta osaltaan yllä Itämeren toimintaa ja monimuotoisuutta.