Jokisuistot voidaan jakaa kolmeen vyöhykkeeseen:

1. suisto eli sisin, jota vallitsee monimuotoinen kasvillisuus 
2. joen laskulahti, jossa valuman vaikutus on voimakas ja kiintoaineen kertyminen vaikeuttaa kasvillisuuden asettumista 
3. estuaari, jossa muodostuu selvä gradientti makeasta suolaiseen veteen

Itämeren näkökulmasta kuvattuna jokisuistoista käsitellään lähinnä tätä kolmatta mereistä vyöhykettä, johon joen virtaama ja sen mukana kulkeutuva kiintoaines vaikuttaa. 

Jokisuistot ovat jatkuvasti muuttuvia ympäristöjä 

Jokisuistojen ympäristöoloihin vaikuttaa joen vaihteleva virtaus. Suolaton jokivesi sekoittuu jokisuulla mereltä työntyvään suolaiseen veteen, ja jokivesi kuljettaa valuma-alueeltaan kertynyttä kiintoainesta ja ravinteita ajoittain pitkällekin merelle.

Jokisuistot siis levittäytyvät hiljalleen kohti merta, enimmillään jopa kymmeniä metrejä vuodessa.  

Jokisuistojen sisäosien vesi säilyy enimmäkseen suolattomana, mikä näkyy myös alueen kasvi- ja eläinlajistossa. Suiston ulko-osissa veden ominaisuuksiin vaikuttavat alueelliset erot ja ympäröivän veden suolaisuus.  

Jokisuistojen kasviyhteisöt kasvavat pääosin veden alla 

Osa jokisuiston kasvilajeista on puhtaita uposkasveja, osa kelluslehtisiä ja osa pinnan päälle ulottuvia lajeja. Suiston lajikoostumus vaihtelee eliömaantieteellisen sijainnin ja pohja-aineksen mukaan.

Virtauksen kuljettama pohja-aines on yleensä hyvin hienojakoista ja pehmeää, ja kiintoainekseen leviävät ensimmäisinä kaislat (Schoenoplectus spp.) ja järviruoko (Phragmites australis). Pinnalle ulottuvien lajien juurakot sitovat kiintoaineksen aloilleen, ja helpottavat muiden lajien asettumista.

Suiston syvemmissä osissa makean veden vaikutusalueella yleisiä lajeja ovat muun muassa lumpeet (Nymphaea alba) ja ulpukat (Nuphar lutea). Suolaisuuden ja avoimuuden lisääntyessä pohjat muuttuvat vitojen (Potamogeton spp., Stuckenia spp.) ja ärviöiden (Myriophyllum spp.) vallitsemiksi. Rehevimmillä paikoilla voi olla myös irtokellujien muodostamia kasvustoja.

Jokisuistoissa menestyvät linnut ja selkärangattomat 

Laajat jokisuistot ovat etenkin vesi- ja rantalinnuille tärkeitä elinympäristöjä, joissa viihtyvät myös monet peto- ja varpuslinnut. Liejuisissa juurakoissa ryömivät myös piisamit.

Pohja-aineksessa ja vedenalaisten kasvien suojissa elää monimuotoinen selkärangattomista eläimistä ja hyönteisten toukista muodostuva eliöyhteisö, ja pysyvästi vedenalaiset osat muodostavat oivallisen kutu- ja poikasympäristön monille kaloille.

Jokisuiston lajeja 

• Kaislat (Schoenoplectus spp.) 
• Järviruoko (Phragmites australis) 
• Lumpeet (Nymphaea alba) 
• Ulpukat (Nuphar lutea) 
• Vidat (Potamogeton spp., Stuckenia spp.) 
• Ärviät (Myriophyllum spp.) 
• Piisami (Ondatra zibethicus)