Kalan hyvistä ravitsemuksellisista ominaisuuksista huolimatta haitallisten aineiden pitoisuudet on edelleen otettava huomioon. Yleisesti ottaen tilanne on parantunut huomattavasti vuosituhannen vaihteen jälkeen.
Vaikka useat haitalliset aineet kertyvät kaloihin, kaikki kertyvät aineet eivät aiheuta kalankäyttörajoituksia. Ne eivät myöskään vaikuta merkittävästi kalan terveyteen. Kala kuitenkin siirtää aineita ravintoketjussa eteenpäin – myös ihmiseen. Mitä iäkkäämpi kala on, sitä enemmän se on ehtinyt kerätä haitallisia aineita
Kalojen sisältämien ympäristömyrkkyjen pitoisuutta seurataan koko ajan
Valtioneuvoston kanslia julkaisi 2018 tiedotteen kotimaisen luonnonkalan ympäristömyrkkypitoisuuksista. Tiedotteen mukaan ympäristömyrkkyjen pitoisuudet suomalaisessa kalassa ovat pienentyneet voimakkaasti 2000-luvun aikana. Suomessa on runsaasti luonnonkalaa, jonka käyttöä elintarvikkeena olisi mahdollista lisätä täysin turvallisesti ja kansanterveydellisten hyötyjen saavuttamiseksi.
Lohen ja ison silakan ympäristömyrkkyjen pitoisuudet ovat kuitenkin edelleen niin suuret, että niiden vienti elintarvikkeeksi ei ole toistaiseksi ollut mahdollista. Erityisesti silakassa näiden pitoisuuksien pienentyminen on ollut kuitenkin merkittävää, ja vuoden 2017 mittauksien mukaan silakan myrkkypitoisuudet alittavat Euroopan elintarvikeviraston asettamat raja-arvot kaikilla Suomen merialueilla. Rehuksi menevä silakka ja kilohaili pitää edelleen puhdistaa ympäristömyrkyistä.
Tiettyjä raskasmetalleja löytyy edelleen tietyistä kaloista huomattavia määriä
Mittausten mukaan kemiallisia yhdisteitä löytyi edelleen huomattavia pitoisuuksia tietyistä kalalajeista. Löydettyjä raskasmetalleja ja ympäristömyrkkyjä olivat:
- Dioksiinit ja PCB:t – lohi meressä, nahkiainen
- PBDE-yhdisteet – lohi meressä, nahkiainen
- PFAS-yhdisteet – kuore meressä, muikun mäti
- Elohopea – hauki ja kuha järvillä
- Kadmium – nahkiainen
- Arseeni – silakka, kilohaili, nahkiainen, lohi meressä
Orgaanisten ympäristömyrkkyjen pitoisuudet kalassa ovat laskeneet vuosina 2002–2016. Raskasmetallien pitoisuudet ovat taas pääasiassa kasvaneet.